Správná činnost a fungování Integrovaného informačního systému Státní pokladny (IISSP) je při svém produktivním provozu zajišťována systémem podpory. Jedním z nejdůležitějších stavebních kamenů této podpory je činnost podpůrné struktury, která nese označení Kompetenční centrum.

Obrázek - Základní schéma podpory IISSP

Tabulka

Koncoví uživatelé	Uživatelé pracující v systému IISSP na kapitolách a krajích.
Klíčoví uživatelé	Uživatelé pracující v systému IISSP na kapitolách a krajích. Jsou určení kapitolami a kraji k zajištění základní podpory (zodpovězení jednoduchých dotazů, vazba na metodiku dané kapitoly/kraje) Koncových uživatelů. Někteří Klíčoví uživatelé mohou po absolvování příslušného školení vykonávat činnost autorizovaných instruktorů. Tato úroveň je označována jako 0. úroveň podpory uživatelů.
Service desk - operátoři	Základní bod, na který se obracejí Koncoví uživatelé a Klíčoví uživatelé se svými žádostmi o podporu, s hlášeními problémů při prací v systému IISSP, se svými požadavky na práci a změny v systému IISSP. Tato úroveň je označována jako 1. úroveň podpory uživatelů. Je zajišťována pracovníky Státní pokladny centra sdílených služeb. Jedná se o součást Kompetenčního centra.
Service Desk – řešitelské skupiny	V návaznosti na požadavky na řešení (hlášení, tikety), které obdržela 1. úroveň podpory (Service Desk – operátoři), je na úrovni řešitelských skupin  zajištěno vyřešení těchto požadavků a následné předání informace o vyřešení zpět až Koncovému nebo Klíčovému uživateli. Tato úroveň je označována jako 2. úroveň podpory uživatelů. Je zajišťována pracovníky Ministerstva financí, Státní pokladny centra sdílených služeb a dále konzultanty ze strany Dodavatele systému IISSP. Jedná se o součást Kompetenčního centra.
SAP ČR	V případě, že požadavky na řešení (hlášení, tikety) vyžadují hlubokou znalost produktu, na kterém je IISSP postaven, je ze strany 2. úrovně podpory (Service Desk – řešitelské skupiny) využívána tato úroveň podpory. Tato úroveň je označována jako 3. úroveň podpory uživatelů. Je zajišťována pracovníky firmy SAP Česká republika.